Genetic differentiation of Erwinia carotovora subsp. carotovora and subsp. atroseptica

Document Type : Original Article

Abstract

Erwinia carotovora subsp. atroseptica (Eca), the causes of blackleg of potato, is closely resembles to E. carotovora subsp. carotovora (Ecc), the causes of bacterial soft rot of potato, in many physiological and biochemical characteristics. Nine isolates were obtained from potato tubers collected from different localities of El-Minia, Assiut and Sohag Governorates and subjected to this investigation. Three different molecular techniques were employed to differentiate the two subsp. of Erwinia carotovora. The primers used in RAPD-PCR technique generated an unique distinct bands which could be used as genetic markers to distinguish the isolates in respect of their sub species (carotovora or atroseptica) or their virulence (high or low virulence). Also, the 16s rRNA gene sequences was obtained from the bacterial isolates of Ecc and Eca. The phylogenetic tree couldn`t distinguish between the two subsp. of E. carotovora, where some isolates of Ecc connected in the same cluster with Eca. Moreover, SDS-PAGE analysis technique was used. The application of protein (SDS-PAGE) analysis may aid to detect the differences between the isolates of E. c. subsp. carotovora or atroseptica in the base of the region of collection. Where, protein analysis showed polypeptide fractions could be used as genetic markers to distinguish isolates collected from same region.

Keywords

Main Subjects


Article Title [العربیة]

الاختلافات الوراثیة فى البکتریا إیروینیا کاروتوفورا تحت نوع کاروتوفورا و إیروینیا کاروتوفورا تحت نوع أتروسبتیکا

Abstract [العربیة]

البکتریا Erwinia carotovora subsp. atroseptica المسببة لمرض الساق السوداء فی البطاطس تشبه البکتریا Erwinia carotovora subsp. carotovora التى تسبب مرض العفن الطری البکتیرى فی البطاطس فی کثیر من الصفات الفسیولوجیة والبیوکیمیائیة. تم الحصول على 9 عزلات بکتیریة ممرضه من درنات البطاطس وذلک من عینات مصابه تم تجمیعها من مناطق مختلفة من محافظات المنیا وأسیوط وسوهاج. تم استخدام 3 تقنیات جزیئیه مختلفة لدراسة الاختلافات بین تحت نوعى جنس Erwinia carotovora. ووجد ان البوادئ المستخدمه فی تقنیه RAPD أظهرت فورق متمیزة فریدة من نوعها والتى یمکن ان تستخدم کعلامات وراثیة للتمییز بین تحت نوعی جنس Erwinia وکذلک الشده المرضیه (قویة او ضعیفة). أیضا تم استخدام تقنیه تحدید تتابع القواعد لجین 16s rRNA من العزلات البکتیریة لجنسی Ecc, Eca  لم تظهر دراسة شجرة النسب العرقیة عدم تمییز عزلات لجنس ایروینیا کاروتوفورا حیث أن بعض عزلات Ecc کانت تقع فی نفس المجموعه مع Eca. وعلاوة علی ذلک تم دراسة فصل البروتینات الذائبة باستخدام طریقه (SDS-PAGE) وهذه التقنیه تساعد فی الکشف عن الاختلافات بین عزلات E.C حیث یمکن استخدام هذه التقنیه فی إظهار علامات وراثیة للتمییز بین العزلات التی تم جمعها من المنطقه نفسها.

Keywords [العربیة]

  • الاختلافات الوراثية
  • البکتريا إيروينيا کاروتوفورا